El Virrey José Antonio Manso de Velasco, Conde de Superunda, colocó la primera piedra de lo que sería la imponente Fortaleza del Real Felipe, el 1 de agosto de 1747. El año anterior, 1746, el 28 de octubre, a las diez y media de la noche, se produjo un terremoto y maremoto de grado XI en la escala de Mercalli, con un duración de un minuto con 40 segundos.
Como consecuencia de este cataclismo, que destruyó el puerto del Callao, no quedó nada en pie, se hundieron 17 barcos. El maremoto, que produjo olas de hasta 60 metros de altura, pulverizó las fortificaciones y retorció embarcaderos. Apenas quedaron algo de sus anchas murallas con sus dos puertas de entrada; 200 sobrevivientes de una población que llegaba casi a 5000 habitantes.
Es importante resaltar este infausto acontecimiento, porque fue esta hecatombe ocurrida en el Callao lo que convenció y decidió a las autoridades virreinales a construir una defensa más sólida que una simple muralla, para proteger la Ciudad de Lima del constante asedio de piratas y corsarios, sobre todo de nacionalidad británica.
Los planos fueron encomendados al cosmógrafo francés Luis Godin, quien había venido como jefe de la famosa Expedición Geodésica Francesa, al lado de Pierre Bouguer y Carlos María de la Condamine.
La construcción principal tardó en realizarse 29 años y su costo fue de más de tres millones de pesos. Las piedras utilizadas para su construcción (aproximadamente unos 5 millones de metros cúbicos), provenían de las canteras de la Isla de San Lorenzo, pero también de Panamá y España, pues muchas veces se emplearon los bloques que los barcos traían como contrapeso, cuando llegaban a buscar mercaderías al Callao.
Primero fue conocido como Real Fernando, en honor al soberano Fernando VI, pero posteriormente se le dio el nombre Real Felipe, en memoria del fallecido rey Felipe V. Se presume que la ceremonia de inauguración fue encabezada por el virrey Manuel Amat y Juniet, en 1776. Porque durante el gobierno del virrey Amat se levantaron los terraplenes de más de nueve varas de ancho a lo largo de las cortinas y flancos del muro exterior y se le agregó una muralla de competente grosor. Se hicieron seis rampas cómodas para subir la artillería a los parapetos y en los cinco baluartes se construyeron otros tantos almacenes para la pólvora y munición así como alojamiento para la tropa y pozos de agua, por si se hiciese necesario.
A la contraescarpa se le dio mayor altura y se llevó a cabo en gran parte de la obrad del glacis o explanada. En el centro de la plaza se fabricaron almacenes para víveres y municiones y cuarteles para los soldados, fuera de una capilla y un hospital para los enfermos y presidiarios.
Finalmente se trajo agua de buena calidad de alguna distancia, proveyendo de este modo a la fortaleza de un elemento indispensable.
La fortaleza tiene una forma pentagonal, con muros a prueba de bombas de 4 metros de altura con un perímetro externo de 1,580 metros, rodeados por un foso de agua de 16 metros de ancho por 2 y medio de profundidad; adicionalmente tenía un sistema de terraplenes que conseguían ocultar la fortaleza de las observaciones desde alta mar y evitaba que los atacantes tuvieran alguna protección durante la última parte del ataque. Posee cinco baluartes: de la Reina, del Rey, de San José, de San Carlos, de San Felipe y baluarte del Príncipe.
Con sus 188 cañones de bronce y 124 de fierro, la fortaleza permitió repeler los ataques de los corsarios. Pero el verdadero bautizo de fuego ocurrió el 20 de enero de 1816, cuando las fuerzas españolas rechazaron la ofensiva de los barcos Hércules y Halcón, enviados por el gobierno de Buenos Aires.
Cuando el general San Martín proclamó la independencia del Perú, el fuerte estaba en manos de los realistas. El gobernador de esta fortaleza era el Mariscal de Campo don José de La Mar.
Después de un período de resistencia, La Mar convino en aceptar una honrosa capitulación que se le venía proponiendo, la cual fue suscrita en Baquíjano el 19 de setiembre de 1821, entregando de la fortaleza el día 21 La fortaleza se convirtió en el Castillo de la Independencia, sede de los poderes legislativo y judicial, por orden del presidente José de la Riva Agüero.
Durante las décadas siguientes la Fortaleza del Real Felipe fue el escenario de la lucha de los caudillos de nuestra naciente república. Así por ejemplo, en plena guerra de la Confederación Peruano - Boliviana, Orbegoso atacó la fortaleza el 17 de enero de 1835, consiguiendo, el 21 del mismo mes, derrotar a las fuerzas situadas en los castillos, en esos momentos ya denominado de la Independencia y obligarlas a capitular.
Precisamente para salvaguardar el orden y consolidar la paz interna, el gobierno decretó el desmantelamiento del fortín, lo que incluía el retiro de los cañones, los puentes levadizos, así como la entrega de la construcción a la Aduana Central.
Sin embargo volvería a hacer historia el 2 de mayo de 1866, a consecuencia del bombardeo del puerto del Callao por obra de la escuadra española. El Real Felipe fue utilizado nuevamente como centro de comando y operaciones de guerra. El presidente don Mariano Ignacio Prado, quien dirigió las labores de acondicionamiento y organización de una escuadrilla de defensa frente al Real Felipe, para cubrir la parte de la ciudad que no tenía baterías armadas.
Después de haber sido escenario de levantamientos militares y cuartel importante durante la guerra con Chile, la fortaleza se utilizaría ya únicamente como sede de la Legión Peruana de la Guardia, hasta que el ejército decidió abrir sus puertas al público, como una manera de transmitir un mensaje vivo de honor, valor e historia.
En 1998 con motivo de conmemorarse sus 251 años de vida, se informó que se había llevado a cabo una remodelación de la Fortaleza, para acontecimientos culturales, históricos y turísticos.
Actualmente en esta fortaleza funciona el Museo del Ejército. Cuenta también con una oploteca (colección de armas) que utiliza el ambiente originalmente conocido como aljibe y que servía como depósito de agua, siendo posible almacenar agua para satisfacer las necesidades de la fortaleza por un período de varias semanas, contando con un sistema de llenado a partir del agua del foso que la rodeaba. Esta oploteca guarda la colección de armas portátiles del Museo del Ejército.
En la primera sala encontramos armas de puño, es decir, pistolas y revólveres desde las de avancarga y sistema de chispa, hasta las modernas semi-automáticas. En la segunda sala podemos ver el desarrollo de las armas largas como los fusiles y carabinas y en la tercera sala se exhiben las armas de acompañamiento: ametralladoras, lanzagranadas y morteros. También se encuentra dentro de sus instalaciones una réplica de la parte frontal de la Casa de la Respuesta existente en la ciudad de Arica (hoy Consulado Peruano) y que en el año de 1880 servía como cuartel general de las tropas peruanas encargadas de la defensa de dicha ciudad.
En la Casa de la Respuesta encontramos una reproducción de la junta de oficiales convocada por Francisco Bolognesi en la mañana del 5 de junio de 1880 y que se conoce como el Día de la Respuesta. A un lado de la Casa de la Respuesta encontramos el monumento al Soldado Desconocido, que rinde homenaje a los todos los soldados que han dado su vida por la Patria en las distintas guerras de nuestra historia. Está representado por un soldado, sin rostro, de la época de la Guerra con Ecuador (1941).
La visita al Real Felipe se realiza en aproximadamente tres horas, por los lugares del circuito de visita programada, la cual se realiza con guías de la propia institución. Se considera un descanso de 10 a 15 minutos. En realidad, según se señala, si uno deseara conocer todo el museo al detalle puede necesitar un par de días completos.